１校時４５分の授業を２コマ組み合わせて９０分授業を中心に行っています。教える授業ではなく、考える授業を行い、学習内容をより追求することができます。

中学校と同様に国語は国語の先生、数学は数学の先生というように教科ごと指導教員が替わります。教員は自分の得意分野や専門性を活かした指導をすることで、授業効果を高めます。但し、低学年では中学校と違い、子どもたちの学校生活の様子や性格をより押さえた上で指導していくことが必要になります。そのため、クラス担任が担当する教科を多くしています。

説明を理解するスピードや課題を進めるスピードの差が大きくなる３年生以上の数学、知能訓練などの教科で習熟度別クラスで授業を行います。どの児童にも最大限の学習効果を上げることをねらいとしています。

夏休みの自由研究を除いて、原則的にクラス全員に同じ内容の課題を出すことはありません。子どもたち一人ひとりが興味を持ったことを家庭で研究、学習する時間を確保するのがその理由です。ただ、学習内容の習得ができていない場合や遅れてしまっている場合は、家庭と相談の上、個別の補習や課題を通してフォローしていきます。

定期テスト（中間・期末テスト）を行い、授業内容が理解できているか、学校と家庭が把握できるようにしています。授業内容の理解が不十分な場合は必要に応じてフォローしていきます。

ホームルームクラスを２分割して、１５人程度で授業を行います。1年生から週１時間、３年生から週２時間、４５分授業で行っています。５年生からはネイティブスピーカーの授業、週１時間が追加され、計３時間行います。 

知能訓練やゲーム工作といった知能教育を行うことで子どもたちの考える力を伸ばします。知能を高めた上で、教科学習をすることで、短時間に学習内容を習得したり、学習内容を深く追求したりできます。

知能の働きを９０種類に分類し、１週間に１回ずつ教材に取り組んでいきます。教材はプリントの問題を解くだけでなく、ゲーム形式やクイズ形式、パズル形式など、子どもたちの楽しめるものになっています。

聖徳学園が独自開発した『聖徳式知能テスト』です。様々な年齢、知能の人を検査できるよう1歳児向けから成人向けの問題まで幅広く用意しています。また、問題で使う考え方を細かく分類し、知能指数（IQ）だけでなく、領域別、はたらき別の知能因子指数も測定できます。

１年間で1回ずつ知能検査を行い、知能の発達状況を調査します。卒業時のIQと入学時のIQを比較すると大きく伸びています。

お子さんが高知能児の場合、知能年齢がそれだけ高いことになりますので、興味の持ち方、会話の内容など普通の子どもと違う面が見られます。高知能児に適した学習内容、学習の仕方をすることで、より効果を上げることができます。逆に通常の学習内容では簡単すぎたり、興味が持てなかったりして、やる気を失ってしまう場合があります。

昼食は家庭で作っていただくお弁当、もしくは食堂に注文した日替わり弁当、ハンバーガーになります。飲み物として牛乳（木曜はオレンジジュース）を注文することができます。

子ども達の安全面、非常時の対応を考えて携帯電話の使用を認めています。原則的に保護者との通話、メールに限って使用を認めています。電話以外の機能が豊富すぎるため、スマートフォンは禁止です。

本校では週5日制をとっているので、基本的に土曜日は休校になります。月一回程度、学校行事（運動会や聖徳祭）や授業参観などの登校日があります。

保護者の方に登校して頂けなければならない日は原則的にありません。但し、評価面接を１学期末、２学期末に行っています。また、1年単位でクラスの世話役を募り、有志の方に学校やクラスに対する行事に協力(簡単なお手伝い)していただいています。なお、ご家庭の負担を減らすためにPTAはありません。

年度によって異なりますが、およそ半分ずつの割合になっています。

面接などで進路指導は行いますが、テクニック的な受験対策の学習指導は行っていません。低学年から行ってきた知能教育により、土台になる考える力が付いていれば、受験に於いても力を発揮できると考えているためです。

正門に関しては警備員の２４時間常駐と防犯カメラ、幼稚園門に関しては在学時間内の施錠と防犯カメラにより不審者が校内へ侵入してこないようにしています。また、保護者には名札の着用を義務づけています。武蔵野市委託警備員（ホワイトイーグル）の巡回、武蔵野警察署へのホットラインの設置も行っています。児童への不審者侵入訓練、教員の防犯訓練を行っています。

耐震工事が完了し、全校舎耐震基準を満たしています。緊急地震速報機の設置と速報時の避難訓練を行っています。非常時に学校に宿泊できるよう寝袋、毛布、非常食の備蓄を行っています。家庭へ速やか、かつ安定的に連絡ができるように関西にサーバがある緊急メール配信システムを導入しています。また、登下校安全カード（緊急時の対処方法・連絡先など）の必携と緊急避難校ネットワークへの参加・都内私立小中高との連携をすることで登下校中の地震に備えています。

希望者は６年生９月に内部推薦入試を受験することができます

林間学校（７月、３/５/６年生）、イングリッシュキャンプ（７月、４年生）、スキー学校（２月、３～５年生）、修学旅行（５月、６年生）があります。希望者が参加するオーストラリア国際交流の旅（８月、４～６年生）もあります。

運動会、スポーツ大会（４～６年生）、スキー学校（３～５年生）があります。

オセロや将棋などの対戦型ゲームは考える力を育てるという点で、とても効果があります。そのため、ゲーム大会としてオセロ大会（５月）、五目並べ大会（９月）、将棋大会（１１月）を行っています。どの大会も１～４年生まで全員参加でクラス予選を行い、クラス代表を決めています。１・２年生、３・４年生のクラス代表でトーナメント戦を行い、低学年の部、中学年の部でそれぞれ優勝者を決めています。

３学期制を採用しています。４月６日前後から７月２０日前後を１学期、９月１日前後から１２月２５日前後を２学期、１月７日前後から３月２０日前後を３学期としています。